참사 인지 시간 조작(의혹): 청와대가 참사 발생 사실을 알리는 문자를 발송한 시간(오전 9시 19분)과 추후 작성한 문건의 기록(오전 9시 24분 전파)이 다르다.
- (수사 결과) 문자 전파 시간은 오전 9시 19분으로 확인됐지만, 이는 컴퓨터 설정 시간으로 대한민국 표준시와 일치한다고 단정하기 어렵다. 9시 19분에 언론을 통해 사고 사실을 접하고 24분에 전파했다는 문건 내용과 동일한 진술도 확보했다.
잠수 시간 조작: 목포 해경이 공문서에 122구조대의 최초 잠수 시간을 1시간 앞당겨 허위 기재했다.
- 당시 상황 보고서 등에 해경이 실제보다 1시간 이른 시각을 기재한 것은 사실이다. 하지만 허위 보고 지시나 논의가 없었고, 정확한 시간이 적힌 문서도 있다. 고의로 허위 공문서를 작성했다고 보기 어렵다.
항공 구조 직무 유기: 초계기와 헬기 기장 등이 승객들의 구조 의무를 소홀히 해 피해를 키웠다.
- 승객들의 퇴선을 유도하지 않은 사실은 인정되지만, 구조에 여념이 없던 상황이었다. 상부의 구조 지시를 넘어 퇴선을 유도할 의무가 있었다고 보기도 어렵다.
항적 조작: 사고 원인을 은폐하기 위해 해양수산부가 세월호 AIS(자동 선박 식별 시스템) 항적 자료를 조작했을 수 있다.
- 해수부의 원본 자료를 받아 비교·분석한 결과 민간, 해외 수집 23개 기지국의 데이터와 일치한다.
수사 외압: 당시 우병우 민정수석과 황교안 법무부 장관이 검찰에게 혐의 재검토를 지시하는 등 직권을 남용해 진상 규명을 방해했다.
- 법무부의 의견 제시가 직권 남용에 해당하거나 고의성이 있다고 보기 어렵다. 당시 대검 1, 2과장의 진술이 엇갈려 법무부 지시 여부를 단정하기 어렵다.
감사 외압: 김기춘 청와대 비서실장 등이 감사원 감사 중단과 축소를 위해 부당한 압력을 행사했다.
- 감사원은 8~9매 분량의 질의서에 대해 청와대의 답변서 1장만 받고 감사를 종료했다. 청와대가 자료 협조를 거부한 사실도 확인됐다. 하지만 부당한 압력과 지시는 확인할 수 없었다.
유족 사찰: 국군기무사령부(기무사)와 국가정보원이 유가족의 개인 사항과 동태 등을 사찰했다.
- 기무사와 국정원이 유가족 동향이 담긴 보고서를 제작해, 당시 대통령과 비서실장 등이 받아 본 사실은 인정됐다. 하지만 청와대의 지시나 공모 여부, 미행, 도·감청, 해킹 등 불법 사찰 증거는 확인되지 않는다.
17건 중 2건 기소: 특수단은 201명을 269차례 조사해, 17개 의혹 중 해경 지휘부의 업무상 주의 의무 위반과 청와대, 해수부의 특별조사위원회 활동 방해 등 2건에 대해서만 20명을 기소했다. 유족 측은 “면죄부를 주는 수사에 불과했다”고 강하게
비판했다.